曲阜市档案馆是市委直属正科级事业单位，国家二级综合档案馆。馆藏现有135个全宗九大门类，档案门类主要有文书档案、科技档案、死亡干部档案、公证档案、专门档案、书画档案、声像档案、孔子文化档案、荣誉档案等。纸质档案13.87万卷件，各类资料1.4万余册（其中古籍资料803册、传统文化资料925册，志书谍谱类183册），革命历史档案48卷，照片档案6.2万余张，实物档案400余件。上架排列总长度为930余米。
馆藏以孔子文化档案、珍贵字画、照片档案等为主要特色，设有专门的特藏室。孔子文化档案资料2000余卷册，实物近500件，内容涉及有清乾隆和民国年间的《阙里文献考》《曲阜县志》《孔子世家谱》《四书白话解》《医宗金鉴》等，形成了初具规模的地方档案史料。其中，《孔子世家谱》是目前世界上延续时间最长、制度最完善、结构最完整的一部氏族谱系。馆藏各种名贵字画17件，其中馆藏的《骏马图》系宋末元初著名书画家赵孟頫的作品。馆藏照片6万余张、1200余卷，其中反映党和国家领导人、外国元首贵宾在曲阜活动的照片有近万张，反映建国前后风土人情的珍贵照片4000余张。
馆藏图书资料1.4万余册卷（册），主要收藏党和政府的政策、法规汇编、名人著作、有关政治、军事、经济、文化、教育、历史、地理、史志、报纸、杂志及中外文学名著。
